在我们体验食物时，「闻」到的分子和「尝」到的分子往往是不同的。
在臭豆腐的发酵过程中，复杂的微生物群将豆腐的一部分蛋白质分解，生成氨以及含硫化合物等物质，它们是「闻着臭」的主要来源——对，这类物质在排泄物中也大量存在。除此以外，发酵过程中还有大量其他种类的醚类、醇类、酯类等挥发性分子生成，这就构成了臭豆腐各具特色的气味。
同时，微生物产生的蛋白酶也会把蛋白质水解成多肽和氨基酸，这些发酵后的产物则具有浓烈的香味。最典型的就是谷氨酸——游离的谷氨酸盐是味精和鸡精的有效成分，各种发酵的豆制品有着浓郁的鲜味，奥秘也就在于此。
经过烹饪，尤其是油炸和烧烤，一方面，那些「臭味分子」充分挥发，臭味也就不浓了;另一方面，谷氨酸等氨基酸的鲜味被突出，加上氨基酸在高温下发生「美拉德反应」，还会进一步生成各种香味分子，于是就「吃起来香」了。
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